قسم التخدير 

أنشئ القسم عام 1981م مع بداية العمل بمستشفى الملك فهد الجامعي بالخبر.

قسم الأمراض الجلدية

أنشئ قسم الأمراض الجلدية في مستشفى الملك فهد الجامعي بالخبر سنة 1401هـ/1981م، وأصبح قسما نشطا في استقبال الحالات الخاصة بالأمراض الجلدية الشائعة والمستعصية على مدى عدة سنوات. وفي عام 1409هـ/1990م بدأ أول برنامج زمالة في المملكة العربية السعودية في تخصص الأمراض الجلدية، ثم أصبح القسم بعد ذلك أحد المراكز المعتمدة للتدريب في البورد السعودي في تخصص الأمراض الجلدية. 

قسم الأنف والأذن والحنجرة

تأسس القسم في عام 1979م، وتم افتتاح مستشفى الملك فهد الجامعي في عام 1981م، بينما تم اعتماد برنامج زمالة الجامعة في التخصص في عام 1987م، وقد تخرج منه 12 طبيباً. للقسم 18 سريراً وينظم 3 عيادات خارجية بالإضافة إلى 3 عيادات للسمعيات، و 3 عيادات للتخاطب، ووحدة مناظير، ووحدة لأمراض التوازن، كلها تعمل بدوام كامل، بالإضافة إلى 4 أيام للعمليات الجراحية. 

قسم طب الطوارئ 

تم تأسيس قسم طب الطوارئ في عام 2010م.

يقوم القسم بتوفير فرص التعليم السريرية للأطباء المقيمين وطلاب الطب بوصفه قسما أكاديميًّا، ومركز تدريب معتمدا من قبل الهيئة السعودية للتخصصات الصحية.

يضم القسم 55 سريرًا، بما في ذلك: الإنعاش، والقلب، والصدمات، والحالات الطبية والجراحية، وأمراض النساء والولادة، و طب الأطفال، ويدعم القسم العلوم الأساسية والبحوث السريرية .

قسم الأمراض الباطنة

أنشئ قسم الأمراض الباطنة في عام 1979م، ويتحمل القسم عبئا أكاديميا كبيرا يتمثل في تقديم مقررات دراسية في الأمراض الباطنة لطلاب الطب البشري للمستويات الرابعة، والخامسة، والسادسة. 

قسم طب الأعصاب

أنشئ قسم طب الأعصاب في عام 1987م، وكان أول قسم أكاديمي في طب المخ والأعصاب بالمملكة. وقد أخذ القسم على عاتقه أعباء التدريس والتدريب لطلبة البكالوريوس والدراسات العليا بكلية الطب بالدمام، بالإضافة إلى الالتزامات الأكاديمية في البحث السريري وخدمة المجتمع، وذلك بتوفير خدمات سريرية متميزة على مستوى العيادات الخارجية المحولة، والعيادات المتخصصة في تخطيط المخ والأعصاب، والتشخيصات الكهروفسيولوجية الأخرى للمرضى المنومين بالمستشفى، والمحولين من العيادات المختلفة بالمنطقة الشرقية. وهناك الرابطة السعودية في علوم الأعصاب بالمملكة العربية السعودية التي تأسست بأمر سامٍ  لتكون تحت رعاية قسم طب المخ والأعصاب بجامعة الإمام عبدالرحمن بن فيصل. كما يقوم القسم بنشاط بحثي كبير في مشاريع مدعومة من مدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية، منها: مشروع الشلل الدماغي في الأطفال، ودراسة عوامل الخطورة في الجلطة الدماغية، والمسح الطبي لنزلاء مراكز التأهيل بالمنطقة الشرقية، ومعدلات الأمراض العصبية بالمنطقة الشرقية، وقد أدى ذلك إلى نشر عدد كبير من نتائج الأبحاث العلمية بالمجلات العلمية المتخصصة العالمية والمحلية بالمملكة. 

قسم جراحة المخ والأعصاب

تم تأسيس جراحة المخ والأعصاب في عام 1984م حيث تم فصله عن قسم الجراحة العامة، وهو أول قسم في المملكة يقدم برنامج  التدريب وتخريج كوادر طبية متخصصة في جراحة المخ  والأعصاب (برنامج الزمالة في جراحة المخ والأعصاب)؛ حيث يتخرج من هذا البرنامج أطباء أخصائيون في جراحة المخ والأعصاب، بالإضافة إلى تعليم طلاب كلية الطب. ولدى القسم أحدث الأجهزة الطبية التي ترفع من مستوى تقديم الخدمات الطبية العلاجية والتعليمية. 

قسم أمراض النساء والولادة 

تم إنشاء القسم في عام 1979م، ويشرف القسم على 50 سريراً بمستشفى الملك فهد الجامعي بالخبر، ويتبع القسمَ جناحٌ للولادة يضم عددا من الغرف المُجهزة تجهيزاً كاملاً بأحدث الأجهزة والمعدات. يستقبل القسم الحالات العادية والحالات الخطرة من خلال قنوات مختلفة، ويقدم  خدماته للمراجعات في 12 عيادة خارجية في الأسبوع، كما يقوم بتشغيل وإدارة غرفة للحالات الطارئة تقع بقسم الطوارئ بالمستشفى وتعمل على مدار الساعة.

قسم العيون

يسهم قسم العيون مع بقية الأقسام في تدريب طلبة كلية الطب، كما بدأ بتدريس وتدريب الأطباء المقيمين في برنامج زمالة طب وجراحة العيون في عام 1985م، وكان هذا أول برنامج للزمالة في المملكة العربية السعودية، كذلك يشارك قسم العيون في المؤتمر السنوي لطب وجراحة العيون الذي تقيمه الجمعية السعودية لطب العيون. 

قسم جراحة العظام

أنشئ قسم جراحة العظام عام 1982م، ومنذ ذلك الحين والقسم يقدم خدمات للمراجعين إلى جانب تدريس الطلاب وتدريب الأطباء. 

قسم طب الأطفال

يتولى قسم طب الأطفال علاج الأطفال المنومين بالمستشفى وفي الحضانة (حديثي الولادة)، بالإضافة إلى العيادات الخارجية والطوارئ.

قسم الطب النفسي

أنشئ هذا القسم بكلية الطب بالدمام عام 1979م كجزء من قسم الأمراض الباطنة، وفي عام 1982م أصبح الطب النفسي قسماً مستقلاً. يتكون القسم من طابق أرضي للعيادات الخارجية، وطابقين أول وثانٍ لعنابر المرضى، وللأنشطة التدريبية والسريرية الأخرى، بما في ذلك عيادة علم النفس السريري، وعيادة الطب النفسي للأطفال والمراهقين، إضافة إلى أقسام التنويم الداخلي للرجال والنساء بواقع (18) سريرا لكل منها.

قسم الأشعة

يُعد قسم الأشعة القاسم المشترك الأعظم لكل الأقسام؛ لما يوفره من فحوصات إشعاعية مُختلِفة تشمل الرنين المغناطيسي، والأشعة المقطعية، والموجات فوق الصوتية، والكشوفات التداخلية، وأشعة الثدي، وكشف هشاشة العظام بالأشعة. ويعمل بطريقة الأفلام الجافة، ومزود بقسم (PAC) لحفظ الصور وعرضها بالحاسوب لجميع أقسام المستشفى، ويعمل كأرشيف لحفظ الصور. يوفر القسم هذه الخدمات على مدار 24 ساعة يومياً طوال السنة، ولا توجد وحدة للطب النووي.

قسم الجراحة

تأسس قسم الجراحة عام 1975م كأول قسم إكلينيكي بكلية الطب بالدمام. وكانت تخصصات جراحة العظام، وجراحة المخ والأعصاب، والتخدير، والأنف والأذن والحنجرة، والعيون جزءًا من هذا القسم، وبعد ذلك أصبحت أقساما منفصلة. يتكون القسم حاليا من تخصصات الجراحة العامة، وجراحة الأطفال، وجراحة التجميل، وجراحة الصدر والقلب، وجراحة الأوعية الدموية. 

قسم جراحة المسالك البولية

أنشئ قسم جراحة المسالك البولية كوحدة تابعة لقسم الجراحة العام عام 1401هـ، ثم تحول إلى قسم مستقل عام 1411هـ. بالإضافة إلى الأعباء الأكاديمية يقدم القسم أيضا خدمات علاجية تشمل علاج حالات الطوارئ، والحالات المستعصية المحولة من مستشفيات المنطقة الشرقية بالمملكة. ويتم إجراء الجراحات الدقيقة المتنوعة باستخدام مناظير المثانة والحالب والكلى، بالإضافة لمناظير البطن الجراحية للكبار والأطفال. كما يحتوي القسم على وحدة متكاملة لقياس ديناميكية التبول، ووحدة حديثة لتفتيت حصوات الكلى والحالب. 

مقررات لا يقدمهما قسم واحد

مقرر علوم صحية تكاملية (MDIN 453)

يتيح هذا المُقرر للطلاب تبني طريقة التعلم الذاتي تحت إشراف أعضاء هيئة التدريس، ولقد شكّل ذلك تحدياً للقسم مع انطلاق مفهوم وتطبيق التعلم المبني على الدليل لطلاب الطب.

مقرر مهارات سريرية أساسية (MDIN 408)

لقد تم حديثاً إدخال هذه الدورة الدراسية القصيرة لطلاب السنة الرابعة، وتعتبر دورة تمهيدية في المهارات السريرية، يستخدم فيها الطلاب مختبر المهارات السريرية.